微生物的命名和其他生物一样,都按国际命名法命名,即采用林奈氏 (Linnaeus) 所创立的“双名法”。每一种微生物的学名(scientific name)都由前面一个属名(generic name)与一个种(名)加词(specific epithet)两部分组成,书写时排成斜体或正体加下划线。
属 名在前,用以描述某微生物主要特征的名词或用作名词的形容词。字首字母要大写,由微生物的构造、形状,或科学家名字而来。其词源可来自拉丁词、希腊词或其 他拉丁化的外来词,或以组合方式拼成。种加词在后,用以描述微生物的次要特征。均小写,来自微生物的色素、形状、来源、病名或科学家姓名等,与属名一样, 也由拉丁词、希腊词或拉丁化的外来词组成。
为更明确,避免误解,在分类学文献中,学名后还应附上命名者及命名年份,即首次定名人的姓(正体,加括号)、现名定名人的姓(正体)和现名的定名年份。
如:

有时只泛指某一属的微生物,而未指定某一个具体的种,或没有种名加词,只有属名时,可在属名后加 sp. 或 spp. , 正体(species 的缩写, sp. 表示单数, spp. 表示复数 ),如 Micrococcus sp. ,表示微球菌属的一个种,Micrococcus spp. 表示微球菌属的一些种。
亚种(或变种)的学名,是在种名后加亚种(或变种)名称,并在其前加 subsp.(或var.),正体,可省略, 如枯草芽孢杆菌黑色亚种 Bacillus subtilis subsp. niger 。
当前后有两个或更多的学名连排在一起时,若它们的属名相同,则后面的一个或几个属名可缩写成一个、两个或三个字母,在其后加一个点。如Bacillus(芽孢杆菌属)可缩写成“B.” “Bac.”。
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